faofishingreport 中文文档

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faofishingreport 把 FAO 全球捕捞产量统计（Global Capture Production）按渔区、国家和物种整理成报告用的图表、地图和表格，图表可以是中文、英文或中英双语。

🌍 FAO 主要渔区

FAO 按统计用主要渔区（由渔业统计协调工作组 CWP 划定）汇总渔获量：共有 19 个海洋渔区，代码为 18 到 88 的两位数；另有各大洲的内陆水域（01 非洲、02 北美洲、03 南美洲、04 亚洲、05 欧洲、06 大洋洲、07 前苏联地区和 08 南极洲）。较大的渔区又分为亚区、区和分区。

标有代码的 19 个 FAO 主要海洋渔区

代码	渔区	范围	FAO 地图
18	北冰洋	北冰洋，包括哈德孙湾	地图
21	西北大西洋	格陵兰西部、加拿大东部和美国东海岸，向南到北纬约35°（哈特拉斯角）	地图
27	东北大西洋	从巴伦支海和格陵兰东部到直布罗陀海峡，包括北海和波罗的海	地图
31	西部中大西洋	墨西哥湾、加勒比海，以及北纬约35°到巴西北部的西大西洋	地图
34	中东大西洋	从直布罗陀海峡到刚果河口的西非海域，包括加那利群岛	地图
37	地中海和黑海	地中海、马尔马拉海、黑海和亚速海	地图
41	西南大西洋	巴西、乌拉圭、阿根廷和福克兰群岛（马尔维纳斯群岛）	地图
47	东南大西洋	从刚果河口到南非的非洲西南海域（安哥拉、纳米比亚）	地图
48	南极大西洋	南大洋的大西洋扇区（南乔治亚岛、南极半岛）	地图
51	西印度洋	东非、莫桑比克海峡、红海、波斯湾、阿拉伯海和印度西部	地图
57	东印度洋	孟加拉湾、安达曼海、印度尼西亚以南，以及澳大利亚西部和南部	地图
58	南极印度洋	南大洋的印度洋扇区（凯尔盖朗群岛）	地图
61	西北太平洋	中国、朝鲜半岛、日本和俄罗斯远东：南海北部、东海和黄海、日本海、鄂霍次克海和白令海西部	地图
67	东北太平洋	白令海东部、阿拉斯加湾，以及加拿大和美国西海岸到北纬40°	地图
71	西部中太平洋	南海南部、泰国湾、印度尼西亚、菲律宾、巴布亚新几内亚、阿拉弗拉海和西太平洋岛屿	地图
77	中东太平洋	从加利福尼亚（北纬40°以南）到巴拿马，以及包括夏威夷的中太平洋	地图
81	西南太平洋	塔斯曼海、新西兰和西南太平洋	地图
87	东南太平洋	厄瓜多尔、秘鲁和智利	地图
88	南极太平洋	南大洋的太平洋扇区（罗斯海）	地图

表中的地图是 FAO 各渔区的官方地图（FAO 渔区地图）。fao_areas() 给出这份列表和各渔区的渔获量，fishing_area_map() 绘制单个渔区及其亚区；安装了 ggOceanMaps 时，地图画在它的海底地形底图上。下面的示例以东北大西洋（27 区）为例：

FAO 27 区（东北大西洋）及其亚区 27.1 至 27.14

✨ 主要功能

💾 随时用上最新数据：一行命令检查并下载 FAO 发布的新版本数据，并可比较两个版本之间的修订。
🌊 渔区分析：总产量与突变点、占全球海洋捕捞产量的比例、主要物种、主要捕捞国家、世界地图。
🐟 物种与国家：某个物种由哪些国家捕捞，某个国家捕什么、在哪里捕，以及其远洋船队的作业范围。
📊 汇总分析：物种类群结构、资源开发状态图、峰值与趋势、数据质量、多样性与集中度、按国家分组、突变点同步性、沿岸国与远洋捕捞、中上层与底层渔获比，以及全部海洋渔区对比。
🔬 文献方法分析：渔获骤变（Cottrell 等 2019；Gephart 等 2017）、渔业崩溃（Mullon 等 2005；Worm 等 2006，附随机序列对照）、渔获同步性与组合效应（Loreau 和 de Mazancourt 2008）。
🌡️ FishBase 与海温：FAO 物种与 FishBase、SeaLifeBase 物种特征的匹配（数据来自 rfishbase 项目发布的数据表副本），FAO 渔区的海表温度，以及渔获平均温度（Cheung 等 2013）。
📉 CMSY++ 资源评估：对主要物种进行仅基于渔获量的资源评估（Froese 等 2023；采用其作者发布的代码 https://github.com/SISTA16/cmsyPlusPlus，原样内置），自动为本机配置 JAGS，输出图表、预测以及生物学参考点和先验参数表。
📝 一键生成评估报告：fao_report() 生成中文或英文报告，可输出Word、LaTeX或PDF（封面、摘要、数据来源与分析方法、结果、结论、参考文献和附件），每项分析都可以单独开关，各函数的设置用前缀传入。
🌐 中文、英文或中英双语图表，国家、物种、渔区名使用 FAO 官方中文名。
🎨 自定义风格：主题、色板、地图投影（Robinson、Mollweide、Equal Earth 等）和太平洋居中地图，用 fao_settings() 设置一次即可。
🖥️ 结果一目了然：每项分析结束时在控制台显示结果摘要（主要结果表和保存的文件）；plot_show = TRUE 时同时在绘图窗口显示图表。
💻 Windows、macOS、Linux 通用：自动选用系统里的中文字体，导出的表格用 Excel 打开中文不乱码。

📦 安装

需要 R 4.2 或以上版本，从 GitHub 安装：

install.packages("remotes")
remotes::install_github("Linbojun99/faofishingreport", dependencies = TRUE)

用到的所有 R 包（Word 报告、PowerPoint、FishBase、海表温度、CMSY++ 等）都会随本包一起安装。CMSY++ 还需要 JAGS 程序：运行一次 cmsy_setup() 即可。在 macOS 上输出可编辑的 PowerPoint 图表还需要安装 XQuartz。

🚀 快速上手

library(faofishingreport)
fao_settings(lang = "zh")        # 所有图表使用中文

# 获取 FAO 最新数据（FAO 发布新版本时运行一次即可）
check_fao_update()
download_fao_data()

# 全部 FAO 主要渔区，以及 27 区（东北大西洋）及其亚区
fao_areas()
fishing_area_map(27)

# FAO 27 渔区：东北大西洋
FAO27 <- fishing_area_data("Atlantic, Northeast")
species <- fishing_area_species(FAO27$area_data, rank_range = 1:10)   # c(5, 6)为第五和第六名
countries <- fishing_area_country(FAO27$area_data, rank_range = 1:10, plot_show = TRUE)

# 大西洋鳕由哪些国家捕捞；挪威主要捕什么
species_country(FAO27$area_data, "Atlantic cod")
country_species(FAO27$area_data, "Norway")

# 汇总分析与文献方法分析
stock_status(FAO27$area_data)
catch_shocks(FAO27$area_data)
mean_temperature_catch(FAO27$area_data, version = "builtin")

# 前 10 个主要物种的 CMSY++ 评估（先运行一次 cmsy_setup()）
cmsy_area("Atlantic, Northeast", top = 10)

# 一键生成中文评估报告，包含 CMSY++ 和渔获骤变，输出 Word 和 PDF（LaTeX）
report <- fao_report(27, lang = "zh", cmsy = TRUE, shocks = TRUE, format = c("docx", "pdf"))

图表保存在工作目录的 figures/png/（需要时也可以同时输出可编辑的 PowerPoint 到 figures/pptx/），表格保存在 tables/。

🖼️ 示例

总产量与突变点	资源状态图

中英双语图表	Robinson 投影、太平洋居中

前 10 个主要物种的 CMSY++ Kobe 图	渔获平均温度与海表温度

🔧 函数一览

💾 FAO 数据

函数	用途
`check_fao_update()`	对比 FAO 线上最新版本与本机数据
`download_fao_data()`	下载某个版本并转换成本包的数据格式
`load_fao_data()`	读取最新的数据（下载的或包自带的）
`fao_data_info()`	所用 FAO 数据的版本、下载链接和引用格式
`fao_data_dir()`	下载数据的保存目录

🌊 渔区分析

函数	用途
`fao_areas()`	全部 FAO 主要渔区：代码、名称、大洋、渔获量和 FAO 官方地图链接，以及世界地图
`fishing_area_map()`	单个渔区及其亚区、区或分区的地图（安装 ggOceanMaps 时显示水深）
`fishing_area_data()`	某个 FAO 渔区的产量：趋势、突变点、占全球海洋捕捞产量的比例、地图
`fishing_area_species()`	渔区内的主要物种及其产量变化和突变点
`fishing_area_country()`	渔区内的主要捕捞国家及其产量变化和突变点

🐟 物种与国家

函数	用途
`species_country()`	某个物种的主要捕捞国家：排名、趋势、地图、各年代饼图
`country_species()`	某个国家在渔区内的主要捕捞物种
`country_analysis()`	某个国家在全部 FAO 渔区的捕捞，按物种和渔区拆分，附渔区地图

📊 汇总分析

函数	用途
`species_group_composition()`	按 ISSCAAP 物种类群或大类的产量结构
`stock_status()`	资源状态图：开发中、充分开发、过度开发、崩溃、恢复中
`peak_trend()`	物种、国家或渔区的峰值年份、当前占峰值比例和近期趋势
`area_overview()`	全部 FAO 海洋渔区对比
`data_quality()`	官方数据与估算值的比例，鉴定到种的产量比例
`diversity_concentration()`	物种数、国家数、香农多样性指数、HHI、前 N 名占比
`country_group_summary()`	按收入分组、大洲或地区汇总产量
`regime_shift()`	主要物种的突变点，以及多个物种同时突变的年份
`coastal_distant()`	沿岸国与远洋捕捞国的产量

🔬 文献方法分析

函数	用途
`catch_shocks()`	渔获骤变（Cottrell 等 2019 或 Gephart 等 2017），按年份和类别统计
`collapse_analysis()`	渔业崩溃（Mullon 等 2005 或 Worm 等 2006），与随机序列对照
`catch_synchrony()`	物种或国家渔获量的同步性与组合效应
`distant_water_profile()`	某个国家在邻近渔区和远洋渔区的渔获量变化
`compare_releases()`	两个 FAO 数据版本之间修订、新增和删除的记录
`pelagic_demersal()`	中上层与底层渔获比（Caddy 1993；de Leiva Moreno 等 2000）
`fao_pd_groups()`	计为中上层或底层的 ISSCAAP 类群

🌡️ FishBase 与温度

函数	用途
`check_fishbase_update()`	FishBase 和 SeaLifeBase 的最新版本及本机已下载的版本
`download_fishbase_data()`	下载 FishBase 和 SeaLifeBase 数据表
`fishbase_table()`	读取 FishBase 或 SeaLifeBase 数据表
`fishbase_match()`	将 FAO 物种条目与 FishBase、SeaLifeBase 匹配，并给出物种特征
`fishbase_sources()`	物种特征的来源、许可证和匹配规则
`fao_sst_products()`	海表温度数据产品及其参考文献
`download_sst_data()`	下载海表温度数据
`fao_area_sst()`	各 FAO 渔区的逐年海表温度
`mean_temperature_catch()`	渔获平均温度及其趋势，并与海表温度比较

📉 CMSY++ 资源评估

函数	用途
`cmsy_area()`	一次完成某个渔区主要物种的 CMSY++ 评估
`cmsy_system()`	检查本机的 R、JAGS 和 CMSY++ 所需的包
`cmsy_setup()`	安装 JAGS 和 CMSY++ 所需的 R 包
`cmsy_jags_versions()`	各 R 版本对应的 JAGS 和 rjags 版本
`cmsy_download_jags()`	下载适合本机的 JAGS 安装程序
`cmsy_install_jags()`	安装 JAGS
`cmsy_sources()`	CMSY++ 所用各部分的版本、链接和引用格式
`cmsy_priors()`	来自 FishBase 和 SeaLifeBase 的 r 先验
`cmsy_input()`	将 FAO 渔获数据转换为 CMSY++ 输入文件
`cmsy_defaults()`	CMSY++ 设置及其默认值
`cmsy_run()`	运行 CMSY++
`cmsy_plot()`	CMSY++ 结果图表
`cmsy_mcmc()`	MCMC 设置与收敛诊断：Rhat、有效样本量、各条链的轨迹和密度
`cmsy_forecast()`	不同捕捞情景下的预测
`cmsy_compare()`	比较多次 CMSY++ 运行结果
`cmsy_tables()`	报告用的先验参数表和结果表

📝 报告

函数	用途
`fao_report()`	一键生成某个渔区的中文或英文评估报告（Word、LaTeX、PDF），每项分析都可以单独开关

🎨 设置与语言

函数	用途
`fao_settings()`	语言、主题、色板、地图投影和中心经度、网格线、输出设置
`fao_font()`	图表字体
`fao_translate()`	国家、物种、渔区的中文或中英双语名称

📖 文档

🧭 入门

📊 数据与分析

📝 评估与报告

🧰 其他

🎨 自定义图表与地图
🧩 扩展（不纳入Word报告）：🚢 贸易与就业

每篇文档最后都列出了所用方法和数据的参考文献及其 DOI 或网址。每个函数的参数说明见函数参考（英文）。

📊 数据来源

本包自带 FAO 全球捕捞产量（Global Capture Production）统计 2026.1.0 版（FAO 于 2026 年 3 月 30 日发布，包含 1950–2024 年的产量），于 2026 年 10 月 10 日下载自 https://www.fao.org/fishery/static/Data/Capture_2026.1.0.zip。

全部版本：https://www.fao.org/fishery/static/Data/，用 check_fao_update() 和 download_fao_data() 查找并下载新版本。
物种名称：FAO ASFIS 物种名录；国家、物种、渔区的中文名来自该版本数据附带的 FAO 代码表。
许可证：CC BY 4.0，并遵守 FAO 数据库使用条款。
fao_data_info() 显示你的分析所用的版本及引用格式。
FAO网站：FAO、FAOSTAT数据和FAO渔业数据文件。

本包与FAO无关联，数据来源为FAO。

📝 引用

citation("faofishingreport")

使用结果发表时，请同时引用 FAO 数据，例如 fao_data_info() 给出的格式：

FAO. 2026. Global Capture Production 1950-2024, release 2026.1.0. In: Fisheries and Aquaculture [online]. Rome. [Cited 10 October 2026]. https://www.fao.org/fishery/collection/capture/en. Licence: CC BY 4.0.