每个函数的中文说明，附英文原文对照；用法、示例和参考文献与英文帮助页面相同。在R中可以用?函数名查看英文帮助。
💾 FAO数据
| 函数 | 说明 |
|---|---|
check_fao_update() |
检查FAO全球捕捞产量数据的最新版本 |
download_fao_data() |
下载FAO全球捕捞产量数据的某个版本 |
load_fao_data() |
读取FAO全球捕捞产量数据 |
fao_data_info() |
所用FAO数据的信息 |
fao_data_dir() |
下载的FAO数据的保存目录 |
🌊 渔区分析
| 函数 | 说明 |
|---|---|
fao_areas() |
FAO主要渔区 |
fishing_area_map() |
FAO主要渔区及其分区地图 |
fishing_area_data() |
提取指定渔区的数据并绘图（可选） |
fishing_area_species() |
渔区主要物种分析 |
fishing_area_country() |
渔区主要国家分析 |
🐟 物种与国家
| 函数 | 说明 |
|---|---|
species_country() |
按国家产量排名分析指定物种并绘图 |
country_species() |
分析并绘制某个国家在渔区内的主要捕捞物种 |
country_analysis() |
分析并绘制某个国家的全球渔获量 |
📊 汇总分析
| 函数 | 说明 |
|---|---|
species_group_composition() |
按物种类群的渔获量组成 |
stock_status() |
资源状态图 |
peak_trend() |
峰值渔获量与近期趋势 |
area_overview() |
全部FAO海洋渔区概览 |
data_quality() |
捕捞产量统计的数据质量 |
diversity_concentration() |
渔获量的多样性与集中度 |
country_group_summary() |
按国家分组的渔获量 |
regime_shift() |
主要物种渔获量的同步突变点 |
coastal_distant() |
沿岸国与远洋捕捞国的渔获量 |
🔬 文献方法分析
| 函数 | 说明 |
|---|---|
catch_shocks() |
渔获骤变 |
collapse_analysis() |
渔业崩溃 |
catch_synchrony() |
渔获量的同步性与稳定性 |
distant_water_profile() |
一个国家的远洋捕捞概况 |
compare_releases() |
比较两个FAO数据版本 |
pelagic_demersal() |
中上层/底层渔获比 |
fao_pd_groups() |
中上层与底层物种类群 |
🌡️ FishBase与温度
| 函数 | 说明 |
|---|---|
check_fishbase_update() |
检查FishBase和SeaLifeBase的最新版本 |
download_fishbase_data() |
下载FishBase和SeaLifeBase数据表 |
fishbase_table() |
读取FishBase或SeaLifeBase数据表 |
fishbase_match() |
将FAO物种条目与FishBase、SeaLifeBase匹配 |
fishbase_sources() |
FishBase数据的来源、许可协议和匹配规则 |
fao_sst_products() |
海表温度数据产品 |
download_sst_data() |
下载海表温度数据产品 |
fao_area_sst() |
FAO主要渔区的海表温度 |
mean_temperature_catch() |
渔获平均温度 |
📉 CMSY++资源评估
| 函数 | 说明 |
|---|---|
cmsy_area() |
一次完成某个渔区主要物种的CMSY++评估 |
cmsy_system() |
检查本机的CMSY++运行环境并选择相应设置 |
cmsy_setup() |
安装JAGS和CMSY++所需的R包 |
cmsy_jags_versions() |
各R版本对应的JAGS和rjags版本 |
cmsy_download_jags() |
下载适合本机的JAGS安装程序 |
cmsy_install_jags() |
下载并打开JAGS安装程序 |
cmsy_sources() |
CMSY++及其所需软件的来源 |
cmsy_priors() |
来自FishBase和SeaLifeBase的CMSY++先验 |
cmsy_input() |
将FAO渔获数据转换为CMSY++输入文件 |
cmsy_defaults() |
CMSY++设置及其默认值 |
cmsy_run() |
用FAO渔获数据运行CMSY++ |
cmsy_plot() |
CMSY++结果图表 |
cmsy_mcmc() |
CMSY++运行的MCMC设置与收敛诊断 |
cmsy_forecast() |
不同捕捞情景下的CMSY++预测 |
cmsy_compare() |
比较多次CMSY++运行结果，或与其他评估比较 |
cmsy_tables() |
报告用的CMSY++先验参数表和结果表 |
📝 报告
| 函数 | 说明 |
|---|---|
fao_report() |
FAO渔区评估报告 |
🧩 扩展：FAO其他数据集
| 函数 | 说明 |
|---|---|
load_fao_divisions() |
按分区的渔获量：区域渔业组织的FAO数据 |
load_fao_trade() |
水产品贸易：FAO数据 |
catch_trade() |
以捕捞为主的物种类群的渔获量与贸易 |
fao_capture_groups() |
以捕捞为主（而非养殖）的物种类群 |
load_fao_employment() |
渔业与水产养殖就业：FAO数据 |
employment_summary() |
渔业与水产养殖逐年就业情况 |
catch_per_fisher() |
人均渔获 |
🎨 设置与语言
| 函数 | 说明 |
|---|---|
fao_settings() |
图表、地图和输出的设置 |
fao_font() |
图表文字的字体 |
fao_translate() |
翻译FAO的国家、物种或渔区名称 |